O arquivo histórico do MIS é composto por documentos originados das atividades cotidianas do Museu – arquivo institucional – e por conjuntos documentais e documentos avulsos resultantes de doações – acervo arquivístico.

Relacionados aos temas que perpassam a criação e o desenvolvimento do acervo museológico, como o cinema paulista, a música, a cultura popular e eventos da história da cidade de São Paulo, o acervo arquivístico está organizado em fundos e coleções de acordo com sua origem.

Por sua vez, o arquivo institucional está organizado como Fundo MIS, e engloba a produção documental classificada em Dossiês de Eventos Culturais que são compostos por catálogos, fôlderes, flyers, folhetos, fotografias e outros registros de exposições, mostras e festivais produzidos pelo MIS.

A identificação e posterior organização do arquivo histórico propiciaram a produção de dois instrumentos de pesquisa: um Guia, que descreve o conteúdo do arquivo de maneira geral, e um Catálogo, que fornece informações sobre os Dossiês de Eventos Culturais.