A origem do acervo MIS remonta ao ano de sua fundação, 1970, quando tiveram início projetos de pesquisa executados pela equipe do Museu que tinham como objetivo a produção de registros documentais que refletissem aquele momento histórico. Com o passar dos anos, esse acervo ampliou-se: a ele foram incorporados itens recebidos em doação, entrevistas de História Oral, além de filmes, vídeos e fotografias realizados com subsídio da Secretaria de Cultura.

O crescimento e a diversificação do acervo provocaram a necessidade de revisão de sua classificação, e hoje em dia ele é organizado em categorias: acervo museológico, acervo arquivístico e acervo bibliográfico, além do arquivo institucional. A organização, catalogação, conservação, digitalização e disponibilização ao público desses acervos estão sob a responsabilidade do CEMIS (Centro de Memória e Informação do MIS).